南宋辉煌
石洞书院位于浙江省东阳市郭宅村（史称长衢），公元1148年由郭钦止倡建。据清道光《东阳县志》载：“宋绍兴年间，邑人郭钦止于洞前建屋一座，题曰‘石洞书院’。延龙泉叶适（水心）主师席，以教授族之子弟及乡里俊秀。当时常寓此者，如朱熹、吕祖谦、陆游诸贤，皆有题识。由此石洞之名大显。”
书院始建的背景是南宋三次道学（即理学）之禁。第一次是高宗绍兴六年（公元1136年）十二月，两位宰相赵鼎和张浚在军事策略上意见不同，赵鼎落职，他所褒崇的伊川（程颐）之学也受到冲击。第二次起始于绍兴八年（公元1138年）赵鼎与高宗和秦桧在宋金议和问题上发生冲突。赵鼎再次罢相，秦桧独揽大权，“两据相位者，凡十九年，劫制君父，包藏祸心，倡和误国，忘仇伦。一时忠臣良将，诛除略尽”。第三次起始于庆元二年（公元1196年）枢密都承旨韩侂胄与宰相赵汝愚发生冲突。韩侂胄当权后将理学斥为伪学，悬以厉禁，规定必须声明“非伪学之人”，才能做官、升迁，必须保证“不为伪学”者才能参加科举考试。又发布伪学逆党党籍，开列的五十九人中，有朱熹、彭龟年、陈傅良、楼钥、吕祖谦、吕祖俭、吕祖泰、叶适、杨简、袁燮、蔡元定各派。著作遭到禁毁，人也被发配驱逐，甚至还有人要求斩杀朱熹。一时之间，“老师宿儒，零替殆尽；后生晚辈，不见典型”，各派弟子中，还有部分“依阿巽懦者，更名他师，过门不入，甚至变异衣冠，狎游市肆，以自别其非党”。
就在南宋第二次禁道学高峰的公元1148年，郭钦止挺身而出，捐田数百亩和石洞之山为书院产业，以家中藏书充实书院，延请学者来讲学。在第三次禁道学期间，石洞书院第二代主人郭津扩大书院规模，勇于表明自己不愿曲学阿世，跟在世人后面批判朱熹、叶适、楼钥三位学者的独立精神。此事由宋人曹彦约以崇敬之笔记录下来：“此郭氏《石洞书院记》，叶水心之所作，楼攻愧之所书，朱晦翁之所题，为当代三绝矣。希吕继先志而述其事，求其文与笔而皆得之，近无此比。然方庆元戊午之冬，党论方炽，士大夫恐挂名三公间，若将浼己。希吕独于此时不以冷暖随世道，取三公于摈弃中，而曰“吾欲为门户，重资章甫，而适越人，当笑之而居之不疑”，其高见远识，笃信好学，余子万万不侔也。”文中叶水心、楼攻愧、朱晦翁即叶适、楼钥、朱熹，皆是列名“逆党党籍”中的首要分子。希吕为石洞书院第二代主人郭津之号，在党禁之中，自标门户，其追随理学的忠勇之气，其坚守书院讲学的远见卓识，皆令人钦佩。正是这些为往圣继绝学的践行者，使理学和书院薪传不替。（邓洪波《中国书院史》，武汉大学出版社2012年版）
郭钦止（公元1128-1184年），字德谊，汾阳王子仪公17世孙。早年拜师横浦张九成，后者从学杨时，而杨时为二程弟子，被称为‘程氏正宗’。南宋禁道学高峰的1148年，他挺身而出创办石洞书院。捐田数百亩和石洞之山为书院产业，以家中藏书充实书院，保护了朱熹、叶适、楼钥等大家，理学薪传不替，维命于危难之中；
朱熹撰《郭钦止墓志铭》“才百夫之特而身不阶于一命，志四方之远而行不出乎一乡，然而子弟服师儒之训，乡闾识逊悌之方，霍然其变豪杰之窟，焕乎其辟礼义之场”。叶适《石洞书院记》称钦止“以学易游而不以物乐厚其身，以众合独而不以地胜私其家”。陈亮称其父子3人为“东方学者”，是“学之初兴”的有力创导者。
来往大儒中“东南三贤”有其二（吕祖谦、朱熹），南宋理学有其宗（朱熹），金华学派有其祖（吕祖谦），永嘉学派有其首（叶适），再加永康学派的代表陈亮和诗人陆游，各学派的泰斗在此切磋讲学； 郭钦止师出名门却不固守自己学派，做到了兼容并蓄。其教学不以科举为目的，注重实学，精思论辩、躬行实践，注重经济之具，探求富国强兵之道，做到了经世致用。石洞书院成为浙东学派中心之一，浙学在此区域形成。
守望文化家园，传承历史文脉，《钱江山水诗路：诗路文心，歌画东阳》对石洞书院做了特别介绍。2021年3月14日浙江电视台首播。
明清重修
明天启辛酉（公元1621）期间,郭氏裔孙顺斋公郭文达捐款重修石洞书院，贡修龄撰写《重建书院记》：“东阳石洞旧为先生讲学处，距今五百载而题咏如新，使人仰奇峰聆瀑涧，俨然先生横经危席，宣流法音也。郭氏世居其地，宋有郭德谊者始肇讲堂，今裔孙郭文达山阳宦归,捐槖重建，可谓振兴名教者矣。”
其后，清嘉庆戊午(公元1798年)又合族修缮，新起房屋十数间供居住。
清同治戊辰(公元1868年)又合族重修。
抗战砥砺
民国初，祠堂办学堂，书院虽停办，但祀祭修葺不废。
抗战期间，上海大夏大学(华东师范大学前身)教授郭莽西及其妻叶迦予变卖家业田产廿五秤，把家里准备建房的木料雇工运到石洞书院,修缮紫阳讲堂,增添桌椅，1938年在此开办战时文化补习学校；招收初中高中学生各一班，延黄学龙等名师任教，后因战乱而停办。
近代荒芜
1966年石洞书院房舍被彻底拆毁。
清朝顺治戌子（1648）夏吴其仕避寇到长衢，携朱熹画像留为书院之宝，朱熹像画于公元1190年，时朱熹六十一岁。同样在1966年破四旧时，朱熹像在郭宅一村蚕桑公房内批判后失踪。此像有二张，一张是真像，一张是仿像，我们期待朱熹的画像能早日回归石洞书院。
接力复兴
改革开放后，历史文化得到重视，朱熹、王徕题刻“石洞之门”“流觞”“月峡”“岚关”等，1983年4月13日被列为东阳市重点文物保护。
1995年9月26日郭宅镇党委镇政府顺应民心，弘扬崇文重教优良传统，发文成立“重建石洞书院”筹建委员会。所需资金主要由民间集资。
1995年9月29日东阳市五套班子领导参加奠基，东阳市长楼国华当场挥毫写下了“石洞书院”四字。横店集团总裁徐文荣题了“石洞书院发扬光大”。浙江省团委副书记、东阳市委副书记陈金彪（现任浙江省人大常委会副主任）参加了奠基仪式。
1998年2月11日由郭宅镇书记贾天其、镇长朱志杰陪同东阳市委书记杨守春视察书院，杨守春书记题写了“郭宅石洞书院”。
1998年10月19日朱熹铜像（高1.8米，重1吨，中国美院雕塑系主任仲兆鼎教授堆塑，杭州制氧机厂承制）浇铸成功，11月3日举行落成庆典，东阳市委市政府康益民、楼国华、卢启元、李惠兰、杜土木、徐荣恬等参加了剪彩。
2009年记者发现：“但近几年来，石洞书院经常大门紧闭，处于无人管理的状态。进入书院，却见筹委会和管理处主任室大门紧闭，办公桌上是厚厚的灰尘，两边的斋舍里堆满了柴草，文史资料陈列柜摆放杂乱，屋檐下破旧的红灯笼随风飘摇，一片萧条景象。”之后由当地村委会进行了改建。
因城镇化快速推进，村庄败落，居住人口锐减，近年来石洞书院已经完全丧失藏书、教学、祭祀的功能。2017年5月，参与90年代石洞书院重建的郭望嵩老师去世，直接触发石洞后学启动了书院复兴。